1. Идём в
~/.local/share/applications/ или /usr/share/applications
2. Создаём файл touch
ngq.desktop
3. Копируем содержимое:
[Desktop Entry]
Encoding=UTF-8
Version=1.0
Type=Application
Name=NextGIS QGIS
Icon=qgis.png
Path=/usr/share/ngqgis/images/icons/qgis-icon.png
Exec=ngqgis %U
StartupNotify=false
StartupWMClass=qgis
OnlyShowIn=Unity;
X-UnityGenerated=true
4. Правой кнопкой щелкаем по какому-нибудь файлу с расширением qgs
5. Идем в Properties/Open With и нажимаем на 'Show Other applications' выбираем наше приложение.
Основано на: http://askubuntu.com/a/508787